የኢትዮጵያ ብዝሀ ሕይወት ኢንስቲትዩት በዋና ዳይሬክተርና በምክትል ዋና ዳይሬክተር መሪነት በስምንት የምርምር የስራ ሂደቶች፣ በዘጠኝ የአስተዳደር ዘርፍ የስራ ሂደቶች፣ በሰባት የብዝሀ ሕይወት ማዕከላት፣ በሁለት እፅዋት አጸድ ማዕከላት እና በአንድ ዘረ-መል ባንክ ስራዎችን እያከናወነ ይገኛል፡፡
የኢትዮጵያ ብዝሀ ሕይወት ኢንስቲትዩት ስምንት የምርምር የስራ ሂደቶች ያሉት ሲሆን እነሱም፡-
- አዝርዕትና ሆርቲካልቸር ብዝሀ ሕይወት ዳይሬክቶሬት
- እንስሳት ብዝሀ ሕይወት ዳይሬክቶሬት
- ደቂቅ አካላት ብዝሀ ሕይወት ዳይሬክቶሬት
- ደንና ግጦሽ መሬት እፅዋት ብዝሀ ሕይወት ዳይሬክቶሬት
- የጀነቲክ ሀብት አርክቦትና ጥቅም ተጋሪነት ዳይሬክቶሬት
- የስርዓተ ምህዳር ዳይሬክቶሬት
- የቅርንጫፍ ማዕከላትና ባለድርሻ ሴክተሮች ዳይሬክቶሬት
- የምርምር፣ ስርጸትና ፕሮጀክት ትግበራ ዳይሬክቶሬት
እንዲሁም ዘጠኝ የአስተዳደር ዘርፍ የስራ ሂደቶች እነሱም፡-
- ሕዝብ ግንኙነትና ኮሙዩኒኬሽን ዳይሬክቶሬት
- የግዢ፣ ፋይናንስ እና ንብረት አስተዳደር ዳይሬክቶሬት
- የውስጥ ኦዲት ዳይሬክቶሬት
- የእቅድ፣ ክትትልና ግምገማ ዳይሬክቶሬት
- የሰው ሀብት ልማትና አስተዳደር ዳይሬክቶሬት
- ኢንፎርሜሽን ኮሙዩኒኬሽን ቴክኖሎጂ ዳይሬክቶሬት
- ለውጥና መልካም አስተዳደር ዳይሬክቶሬት
- የሴቶች፣ ህፃናትና ወጣቶች ጉዳዮች ዳይሬክቶሬት
- የስነ-ምግባርና ፀረ ሙስና ዳይሬክቶሬት